Il museo nasce per raccogliere gli ingenti reperti rinvenuti nel sito "Isernia La Pineta", giacimento preistorico del Paleolitico inferiore. Si tratta di uno dei più ricchi e importanti paleosuoli scoperti nel continente europeo, con una superficie archoleologica di circa 300 mq e migliaia di reperti conservati all' interno dei sedimenti.